NovelBio生物信息研發團隊與中科院合作，展開了基于高通量轉錄組測序（RNA-seq）技術結合生物信息分析，首次揭示了選擇性剪接蛋白SRSF10在細胞內調節的靶底物以及其調控mRNA選擇性剪接的機制。NovelBio差異可變剪接ASD的軟件文章發表于2014年的《Nucleic Acids Reseach》雜志上。現在差異可變剪切軟件ASD升級到1.2版本，新版本修復bug并優化轉錄本重建過程，可以支持NCBI上Gff3文件下載。

（Alternative Splicing Detector:ASD 網址：http://erp.novelbio.com/ASD/）

圖1 ASD的軟件文章發表于2014年的《Nucleic Acids Reseach》

圖2  ASD軟件V1.2版

隨著二代測序技術的飛速發展，測序已成為研究基因組和轉錄組的重要手段之一。高通量轉錄組測序技（RNA-seq）可用于檢測基因表達差異、融合基因、未知或稀有轉錄本、以及mRNA選擇性剪接等研究領域。

SRSF10是經典的SR蛋白家族成員之一，已有研究表明，SRSF10在體外是一個序列特異性的剪接激活蛋白，但是其在體內的剪接調控靶點及作用機制，目前仍不清楚。上海烈冰生物信息研發團隊等利用RNA-seq技術，并結合自主研發的選擇性剪接java軟件（軟件名稱：Alternative Splicing Detector:ASD 網址：http://erp.novelbio.com/ASD/），在雞細胞系DT40中，尋找受SRSF10調節的體內剪接底物。

研究發現，SRSF10同時具有增強外顯子接入和抑制外顯子接入的雙重功能：Motif分析發現，外顯子的接入與否與SRSF10的結合位點在調控外顯子上的分布有關。進一步研究表明：SRSF10所調控的剪接事件多為應激或凋亡相關的基因。SRSF10敲除DT40細胞對內質網應激誘導的凋亡更為敏感，提示其可能通過調節應激相關基因的選擇性剪接，控制著內質網應急下的細胞存活能力。

該研究加深了人們對于SRSF10在體內調節的剪接網絡和機制的理解，為深入研究SRSF10在細胞存活能力中的作用和機制提供了新線索。差異可變剪接軟件-ASD利用Spring MVC+ Spring Framwork + ibatis的整合開發框架，重新優化構建剪接算法，利用超幾何數學模型提高8類可變剪接類型的驗證率（文章中的驗證率達到70%以上）。ASD軟件的發表意味著NovelBio從專業的生物信息轉向定制化的軟件算法開發，利用NovelBio專業的生物信息經驗建立高通量領域的品牌力量。

圖3  ASD軟件圖示

圖4  ASD軟件圖示

圖5  ASD軟件圖示